Advanced genomics workshop in the NGS era: Bioinformatics tools for genome analysis and annotation

 Curso-Taller  "Advanced genomics workshop in the NGS era: Bioinformatics
 tools for genome analysis and annotation".
 31 de julio al 3 de agosto del 2012. Unidad de Bioinformática, Instituto
 de Biotecnología,  INTA-Castelar.

 El Curso-Taller "Advanced genomics workshop in the NGS era: Bioinformatics
 tools for genome analysis and annotation",  se llevará a cabo del 31 de
 julio al 3 de agosto de 8,30  a 18 hs, en la Unidad de Bioinformática del
 Instituto de Biotecnología del INTA-Castelar. Está dirigido a
 investigadores y /o profesionales que participen en proyectos genómicos.

 El curso tiene un cupo máximo de 16 asistentes.Se priorizarán los
 postulantes que tengan necesidades específicas en  anotación estructural y
 funcional de genomas. Es aconsejable que los asistentes tengan
 conocimientos básicos de sistema operativo Unix (las prácticas se llevarán
 a cabo en Linux) y que tengan disponibilidad de una computadora portátil
 que funcionará como terminal de trabajo.

 Para inscribirse es requisito enviar CV resumido y una carta explicando
 las motivaciones para participar del taller a mfarber () cnia.inta.gov.ar
 hasta el 5 de julio del corriente. Las notificaciones confirmando la
 participación se comunicarán a partir del 10 de julio, informando a su vez
 la página web del curso donde figurarán las indicaciones, actualizaciones
 y el material específico.

 Organizadores:
 Elisabet Caler; J. Craig Venter Insitute (USA).
 Hernán Lorenzi, J. Craig Venter Insitute (USA).
 Marisa Farber, Inst. Biotecnología, INTA
 Maximo Rivarola, Inst. Biotecnología, INTA

 Docentes:
 Elisabet Caler; J. Craig Venter Insitute (USA).
 Hernán Lorenzi, J. Craig Venter Insitute (USA).
 Marisa Farber, Inst. Biotecnología, INTA
 Maximo Rivarola, Inst. Biotecnología, INTA
 Sergio Gonzalez, Inst. Biotecnología, INTA
 Ariel Amadio, EEA-Rafaela, INTA

 Programa
 Día 1: Teóricos: Introducción al curso. Metodologías de  secuenciación de
 alto rendimiento (NGS - Next Generation Sequencing -). Aplicaciones.
 Ventajas y desventajas de las diferentes plataformas disponibles.
 Criterios de elección de acuerdo a los casos de estudio.  Análisis de los
 datos resultantes de un proyecto de secuenciación usando NGS: métodos de
 ensamblado, calidad de lectura, concepto de N50, contigs, scaffolds,
 variables genómicas que pueden afectar los ensamblados. Prácticos:
 Introducción a Unix. Almacenamiento y análisis de los archivos de salida
 de proyectos de secuenciación. Control de calidad y filtrado de los datos.
 Introducción a herramientas de ensamblado: Newbler, Velvet.

 Día 2: Teóricos: Anotación estructural de genomas. Estrategias de
 predicción de genes para Virus, Bacterias y Eucariotas. Prácticos:
 Introducción a herramientas de alineamiento masivos (Mummer tools).
 Proyecto de Anotación de un genoma bacteriano: Predicción de genes: ORF
 finders versus de-novo gene finders; evaluación del desempeño de las
 predicciones (sensibilidad y especificidad).

 Dia 3: Teóricos: Continuación anotación estructural de genomas.
 Estrategias de curación de anotación estructural. Utilización de datos de
 expresión génica para mejorar la anotación de genomas Eucariotas y
 Procariotas. Introducción a ESTs/RNAseq. Prácticos: Continuación del
 proyecto de anotación estructural del genoma bacteriano. Ejercicio
 complementario: Predicción de genes eucariotas utilizando datos de ESTs y
 RNAseq.

 Día 4: Teóricos: Anotación funcional. Conceptos básicos. Usos de Bases de
 Datos Públicas de proteínas y de dominios proteicos. Anotación basada en
 homología. Identificación de motivos. Prácticos: Pipelines de anotación:
 uso de Pfam (A y B), CDD, PRIAM-números EC, Uniprot, GenBank, SignalP,
 TMHMM, TargetP, tRNA-scan, HMM-searches, RPSblast.  Introducción a las
 ontologías de genes (mapeo GO manual vs automático). Uso de las redes
 metabólicas (KEGG, Pathway tools). Uso de redes de ortología ( OrthoMCL).

 Día 5: Teóricas: Genómica comparativa. Introducción a la Metagenómica y
 Metatranscriptómica.  Herramientas para el análisis de proyectos de
 Metagenómica. Prácticos: Discusión y análisis de los resultados de los
 proyectos de anotación utilizados como modelos de estudio durante el
 curso. Herramientas para proyectos de  genómica comparativa
 (identificación de SNPs).

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 Asociacion Argentina de Bioinformatica y Biologia Computacional - A2B2C
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