Otra de NAMD

Proteína grande plegada Computacionalmente (julio 2012)

Las proteínas son los caballos de batalla biológicos en las células vivas. Por ejemplo, responden a señales externas que llegan a la superficie celular o de transporte de carga, mucho más grande que ellos mismos, de un lugar a otro en la celda. Sin embargo, antes de una proteína puede llevar a cabo su trabajo, primero debe asumir la forma adecuada. Las proteínas son polímeros largos de veinte aminoácidos diferentes enlazadas en una secuencia lineal, este último es particolare para cada proteína. Todavía es un misterio cómo se pliega una proteína en la forma adecuada en función de su secuencia. Los científicos esperan que un día se puede “ver” Any Given estos procesos de plegamiento de proteínas. El sueño hecho realidad ha sido-, al menos parcialmente, a través del uso de la simulación por ordenador. Después de la solución del problema de plegamiento de proteínas de cómputo ya por dos pequeñas proteínas (véase el mayo de 2008 y noviembre de 2009 pone de manifiesto pone de relieve), los investigadores han completado el proceso de plegado de la proteína visualizada en relativamente grande, la llamada λ-repessor (ver la película, 7.8 MB). De hecho, es una de las más grandes hasta la fecha las proteínas plegadas utilizando un ordenador. Como se informó recientemente, las simulaciones realizadas con el programa NAMD, así como simulaciones realizadas en una supercomputadora de propósito especial, Antón, logró seguir el movimiento de plegado λ-repessor por más de 0.0001 segundos, tiempo suficiente para observar la proteína asume su forma correcta . Más información está disponible en nuestro sitio web para el plegamiento de proteínas.

Fuente: NAMD